烘干是羊肚菌栽培过程中必不可少的工艺，如今羊肚菌烘干方式有电加热、（煤、燃油、燃气）锅炉等，以及节能的热泵烘干机烘干。
羊肚菌水分含量非常高，在烘干过程中要特别注重温度与湿度的控制。而且不同批次采收的羊肚菌，水分含量不一样。一般来说，第一茬菇的含水量相对低，陆续第二茬菇、第三茬菇的含水量一批批加大，都可以在第一茬菇烘干经验的基础上适当加长时间。这里以第一茬菇的烘干为例，介绍热泵烘干机应用于羊肚菌烘干的经验：
1）烘干初期：
无需冷藏保鲜的羊肚菌按不同长度进行剪柄后，排放于烘筛上，将烘筛推入烘干机烘箱内，紧闭箱门开始启动机器起烘。起烘温度不能低于35℃，最好是35℃起烘，湿度控制在70%以内，时间3小时左右，用低温来给羊肚菌定性定色，以保证其形状饱满，不塌陷。
2）升温排湿
温度上升在40℃～45℃的范围内，湿度降到55%，烘2小时左右，这时羊肚菌有收缩，水分明显减少。
3）强化烘干排湿
温度上升到50℃左右，温度设定在35%，继续烘2小时左右，继续强化羊肚菌的烘干排湿。这时，羊肚菌表面基本干透，但菇体尤其在菌柄与菌帽结合处仍是软的，还没有干透。
4）最后高温干燥
温度上升至53--55℃，温度降到15%，进行高温干燥，实现羊肚菌的彻底干燥。
需要强调的是，在羊肚菌的干燥过程中，不宜升温过快，每阶段约5℃较为适宜，烘出的羊肚菌含水量约12%，外形饱满，菌柄米白，菌帽棕色或黑色，气味芬芳。另外95%以上的菌菇类，如牛肝菌、竹荪、松茸、灵芝、猴头菇、黑白木耳、姬菇、杏鲍菇、茶树菇、红菇、花菇、金针菇、鸡腿菇、滑子菇、香菇等都可使用热泵型烘干机干燥，以达到节能、环保、高效、智能化操作干燥高品质干菇的目的。
5）回软
羊肚菌烘干完成后，不要急于马上装袋，可在空气中静置10-20分钟，使其表面稍微回软，否则干硬的羊肚菌在装袋过程中发生脆断而被损坏。
