品种选育 按照食用菌品种选育技术规范，选育1个优良品种，一般需要至少3年，多数种类需要5~7年，需要高科技、高智慧、高投入。也正因为如此，植物新品种才成为国际承认的知识产权形式。多年来，我国广大食用菌育种科学工作者选育出了相当数量的食用菌优良品种，但仍远远不能满足产业发展的需要。调查表明，很多单位和个人所谓的“育种”多停留在互相引种，常规试验比较筛选水平，经济性状优良的品种自行冠名，导致大量的同物异名，育种者利益得不到保证，生产使用菌种混乱。为了澄清菌种混乱，《管理办法》要求境外引进菌种要送至中国农业微生物菌种保藏管理中心保存；选育的新品种可依法申请植物新品种权；鼓励育种者申请品种认定；品种要有适当的名称，具体的命名规范，将由农业部通过正式颁布《食用菌品种选育技术规范》标准来规范。其中明确规定了名称除要符合《中华人民共和国植物新品种保护条例》外，还要体现食用菌的物种、表意清楚真实，不可夸大事实，不可引起歧义，总之品种名称要体现品种的特性特点。
品种认定?品种认定是对品种经济性状的鉴定，对其利用价值的评价。根据我国国情，我国农作物品种实行审（认）定制度，这一制度有效推进了优良品种的选育和良种化进程。按照《种子法》和《管理办法》，我国食用菌新品种实行自愿认定，为此成立了全国食用菌品种认定委员会，设立了办公室（设在全国农技中心），起草了食用菌认定的相关系列文件，相关认定工作开始启动。食用菌品种认定的程序为：申报→指定机构的特异性和经济性状测试→认定委员会认定→登记公告。食用菌品种认定工作的开展，必将有力促进我国食用菌菌种良种选育工作，促进菌种质量的提高，促进食用菌产业的发展。
菌种的繁育体系分级?根据食用菌菌种无性繁殖、生长快变异快的生物学特点，同时考虑到我国菌种生产规模小、生产分散、多数菌种场设备设施简陋、技术水平低、菌种质量总体低下的实际情况，为了避免无限扩大繁殖导致菌种变异、保证菌种质量，《管理办法》和相关技术标准规定，我国食用菌菌种为母种（一级种）、原种（二级种）、栽培种（三级种）繁育体系。所谓母种，是指选育得到的具有结实性的菌丝体纯培养物及其继代培养物，它是食用菌的出发种；所谓原种，则由母种移植、扩大培养而成；所谓栽培种，则又由原种移植、扩大培养而成，我们平时所吃的食用菌，是由栽培种作为生产用种接种生长而来。《管理办法》对各级菌种场都有详细的资质要求规定。
菌种生产技术的规范性要求为了增强《管理办法》的可操作性，要求菌种生产和经营要符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》（以下简称《规程》）的要求。根据《规程》，菌种生产的规范性技术要求包括技术人员、场地、厂房设置和布局、设备设施、使用品种和扩大繁殖、生产工艺流程、过程技术等。
