白灵菇菌丝长满菌袋后必须经过一段时间的后熟培养，才能达到生理成熟，否则即便创造出菇条件也不能正常出菇。生理成熟期的管理方法和发菌期基本相同。袋温在20—24℃，生理成熟期为30 天左右。
菌袋没有达到生理成熟所要求的时间与积温，也有少量菌袋形成原基开始出菇。遇到这种情况我们不要急于出菇，而是仍按白灵菇后熟期管理。如果此时降温出菇，由于多数菌袋仍没达到完全生理成熟，其结果不但出菇率低，而且产量也低。
搔菌：白灵菇菌袋达到生理成熟前五天进行搔菌。搔菌的方法是：将菌袋两头打开，用已经75%酒精消毒过的小钩，扒掉料面中央部位直径为3—4㎝范围内的菌种。注意尽量不要伤害菌丝并迅速将袋口拧死，以防料面水分蒸发。搔菌的目的就是防止白灵菇原基在老菌种块上形成，以便幼菇生长健壮。白灵菇菌袋搔菌五天后进入催菇管理阶段。
