双孢蘑菇的主要营养源来自秸秆和粪肥。秸秆可以为稻草、大麦草及其他禾本科茎叶等，另外苜蓿茎秆、玉米芯、甘蔗渣、小麦秆、棉籽壳等都可以。
以上原料都要求新鲜、无腐烂、霉变。多年来双孢蘑菇生产所用秸秆仍以稻草和大麦为主。而我国地域差别大，各种秸秆都被浪费在食用菌产业蒸蒸日上之际，广大食用菌科研和生产者研究和开发出多种栽培配方，主料的变化层出不穷。双孢蘑菇正向多样化的栽培发展。棉籽壳产量大的省，现已研究出棉籽壳生产双孢蘑菇的高新技术，且比稻草料栽培产量更高。玉米秸秆双孢蘑菇栽培技术的成本低，取料方便。配料简单，而其生物学效率也很高。
东北地区有大量的玉米秸秆和水稻秸秆，可以因地制宜很好的利用这些原料和技术，用低廉的成本换取高额的回报。
